Weitere Methoden der Keimidentifizierung
Biochemische Methoden (u. a. API-Systeme)
Die Anwendung miniaturisierter biochemischer Systeme gehört zum Standard eines mikrobiologischen Labors. Voraussetzung für eine richtige Identifizierung ist das Vorliegen einer Reinkultur sowie die vorherige Bestimmung kultureller Merkmale (Gram-Verhalten, Katalase-Test, Oxidase-Test, Sporenbildungsvermögen, mikroskopisches Bild).
Das ifp nutzt z. B. die sogenannten API-Identifizierungssysteme (Analytical Profile Index), die relevante Gruppen von Bakterien und Hefen abdecken. Es wird die Verwertbarkeit von bestimmten Kohlenhydraten oder die Bildung spezifischer Stoffwechselprodukte bestimmt, deren Auswertung ein numerisches Profil ergibt, das über einen Datenbankenabgleich zum Identifizierungsergebnis führt. In Abhängigkeit von dem verwendeten System vergehen bis zum Vorliegen des Ergebnisses 4 - 72 Stunden.
Sequenzierung (16S- bzw. 18S- oder ITS-rDNA)
Diese molekularbiologische Methode der Identifizierung beruht auf der Vervielfältigung eines spezifischen und hochvariablen Bereichs der ribosomalen DNA (rDNA) von Mikroorganismen mittels PCR (Polymerase-Kettenreaktion) und der nachfolgenden Sequenzierung des Amplifikats.
Dazu sind folgende Arbeitsschritte notwendig:
- Isolierung der genomischen DNA aus Bakterien, Hefen oder Schimmelpilzen (Reinkultur)
- Durchführung der PCR: 16S-rDNA (Bakterien) bzw. 18S- oder ITS-rDNA (Hefen und Schimmelpilze)
- Aufreinigung des PCR-Produktes
- Sequenzierung des PCR-Produktes
- Auswertung der Sequenz über z. B. NCBI BLAST
Das Ergebnis der molekularbiologischen Identifizierung liegt nach ca. 3 Tagen vor.
Kulturelle Methoden (Schimmelpilze)
Die klassische Identifizierung von Schimmelpilzen beruht auf der makroskopischen und mikroskopischen Untersuchung von Reinkulturen auf geeigneten Nährmedien. Die charakteristischen morphologischen Merkmale der Kolonien sowie des mikroskopischen Bildes werden mit Literaturdaten verglichen.